La chiesa doveva servire la parte a levante del borgo di Morcote.
Fu costruita, su disegno, dal maestro Arturo Maspoli dal 1548 al 1553, in un periodo di forte pestilenza, e per questo dedicata a San Rocco degli appestati.
Tutta la popolazione contribuì in modo spontaneo alla costruzione di tre navate e tre altari.
Le figure centrali dell’altar maggiore sono dipinti risalenti al 1787, attribuiti ad un Isella e a un Dubini.
L’altare di marmo, sulla sinistra, è dedicato alla Madonna e fu realizzato dallo scultore Tiravanti nel 1902, mentre gli stucchi dell’altare di destra, furono eseguiti dallo scultore Massari nel 1797 e restaurati nel 1954 dallo stuccatore morcotese Amleto Isella.
La balaustra di pietra dell’altar maggiore e la piletta dell’acqua santa, si trovano in questa chiesa dal 1786, dopo la trasformazione della chiesa principale.
Il pavimento, già di mattoni, venne rifatto nel 1928, ma successivamente, negli anni 1954-1955, tutta la chiesa subì diversi restauri sotto la direzione dell’architetto Raul Casella.
Adriano Antonini, ceramista e artista di Morcote, ideò e realizzò
appositamente per la chiesa di San Rocco, piastrelle che compongono le 14 stazioni della Via Crucis e ha voluto donarle alla comunità e a tutti coloro che ogni anno visitano il borgo.
L’Associazione degli Amici dei Restauri del Complesso Monumentale di Morcote, unitamente alla parrocchia e al Municipio, nel 2015, si è fatta portavoce del desiderio di Adriano Antonini di vedere esposta la sua opera nella chiesa di San Rocco.
Il 12 dicembre dello stesso anno si è inaugurata l’esposizione all’interno della Chiesa. Gli architetti, Mariella Malacrida e Caterina Hörtig si sono occupate dell’ideazione strutturale e della posa de “La Via Crucis” e, come ha scritto Claudia Fabrizio, per enfatizzare ancora di più l’armonia dell’opera con le pareti, hanno scelto come supporto la lamiera acidata che, nella sua lucentezza, percorsa dai toni della ruggine, rimanda inevitabilmente al concetto dello scorrere del tempo.